Artikel Bioinformatika

Berikut ini saya akan memberikan satu contoh artikel menngenai Bioinformatika. Bioinformatika merupaka suatu ilmu yang mempelajari bidang biologi dengan mengguakan teknik komputasional dengan alat0alat yang semaki maju.

MENGUJI SPESIFITAS PRIMER

Pada artikel sebelumnya dengan judul “Yuk Mendesain Primer dengan Primer3Plus” telah dijelaskan langkah-langkah desain primer. Di sana dicontohkan bagaimana cara mendesain primer untuk mendeteksi keberadaan virus TMV (Tobacco Mozaic Virus) yang biasa menyerang tanaman tembakau dan jenis-jenis tanaman golonganSolanaceae.


Primer yang telah kita desain tersebut harus diuji spesifisitasnya agar kita yakin bahwa:

- Primer tersebut hanya akan mengamplifikasi daerah yang kita mau
- Tidak menempel pada daerah lain di genom organisme target (dalam contoh ini TMV memiliki materi genetik berupa RNA)
- Tidak menempel pada DNA organisme lain yang mungkin tercampur bersama DNA TMV ketika isolasi DNA. Misalnya DNA host-nya TMV yaitu tembakau.


Pengujian spesifisitas dapat dilakukan dengan bantuan BLAST di NCBI. Jenis BLAST yang digunakan adalah blastn (nucleotide blast). Berikut ini adalah langkah-langkah-nya:
- Buka laman BLASTN
- Masukkan sekuen primer pada kotak yang berjudul “Enter Query Sequence”
atur beberapa parameter jika belum sesuai, yang terutama: database = Other (Nucleotide Collection (nr/nt)), sedangkan parameter lainnya dapat diubah atau dibiarkan sesuai nilai defaultnya.
- Klik tombol BLAST dan tunggu beberapa saat hingga hasil pencarian terbuka dengan sempurna.

Cara mudah untuk mengetahui primer kita spesifik atau tidak adalah dengan cara melihat hasil pencarian BLAST. Jika primer kita memiliki kesamaan dengan DNA organisme lain atau bahkan sama, berarti primer kita tidak spesifik. Ini bisa bahaya karena primer menempel kemana-mana, akibatnya akan muncul banyak produk PCR yang tidak kita inginkan.


Namun meskipun demikian, hasil BLAST seperti di atas masih bisa ditoleransi jika:
- Sekuen DNA tersebut berasal dari organisme lain yang secara praktiknya tidak mungkin ada bersama-sama dengan organisme target (dalam contoh ini virus TMV) ketika kita mengambil sampel untuk ekstraksi RNA. Misalnya Oryza sativa alias tanaman padi, atau Felis catus alias kucing, yang sepertinya tidak mungkin ada bersama tanaman tembakau.
- Hanya satu dari sepasang primer tersebut yang diduga tidak spesifik. Jika memang sulit menemukan alternatif lain yang lebih baik, maka kondisi ini masih bisa diterima, tapi jumlah primer yang ditambahkan ketika PCR nantinya harus dioptimasi.
- Boleh jadi kedua primer diduga tidak spesifik, tapi posisi penempelan tidak spesifik mereka itu pada gen lain terpisah sangat jauh sehingga secara teori tidak akan mungkin menghasilkan produk PCR, misalnya jika jaraknya lebih dari 10000 bp.
- Sekuen primer tersebut tidak benar-benar match 100%, terutama jika 5 basa terakhirnya tidak match.

Komentar :

Pada artikel diatas dibahas tentang pengujian spesifikasi primer yang d=sudah didesain utnuk mendeteksi keberadaan virus TMV (Tobacco Mozaic Virus). Pengujian spesifisitas  dilakukan dengan bantuan BLAST di NCBI. Nampak disini adaya keterhubungan antara bidang biologi dengan iformatika, dengan dibutuhkan nya BLAST untuk menguji spesifikasi primer. Bidag informatika sangat membantu bidang biologi dalam penelitian, karena bidang informatika selalu mempelajari tekologi dan informasi yang semakin maju.

Sumber : http://sciencebiotech.net/menguji-spesifisitas-primer/

Marlina Febriyanti

55409306